Rụng tóc từng mảng được xem là bệnh tự miễn. Trong hệ tự miễn của cơ thể, tế bào bạch huyết đóng vai trò bảo vệ cơ thể trước các kháng nguyên như vi khuẩn, virus …. Các bệnh tự miễn xuât hiện khi hệ tự miễn nhận định thông tin sai lầm khi cho rằng một phần nào đó của cơ thể là kháng nguyên.Trong bệnh rụng tóc từng mảng, nhiều tế bào bạch cầu đã “sai lầm” khi nhận rằng các nang tóc là kháng nguyên. Chính vì thế mà quá trình đào thải kháng nguyên được kích hoạt. Chính vì thế mà nang tóc bị hủy hoại, không còn cung cấp đầy đủ chất dinh dưỡng cho tóc nữa dẫn tới tóc rụng.Tuy nhiên vẫn chưa rõ được tại sao thường chỉ 1 vùng trên đầu bị rụng từng mảng.

Trong bệnh này, nang tóc bị ảnh hưởng cứ không bị phá hoại hoàn toàn. Điều đó có nghĩa là nếu ta ngăn chặn quá trình đào thải thì nang tóc hoàn toàn có thể mọc tóc lại bình thường.